|
|
Efektivní varianty dynamického programování v bioinformatice
Franěk, Jaromír ; Hynek, Jiří (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Cílem této práce je nastudovat princip efektivních algoritmů využívajících dynamické programování. S pomocí těchto znalostí vytvořit aplikaci demonstrující princip efektivních algoritmů dynamického programování v bioinformatice a sepsat zprávu shrnující výsledky. Algoritmy, obsažené v této práci, řeší zarovnání sekvencí DNA, nebo predikci sekundární struktury RNA. Tyto algoritmy jsou zde porovnávány mezi sebou pro různé hodnoty vstupů. Pro samotné zarovnání sekvencí jsou zde použity algoritmy jako Needleman-Wunch a X-drop. Pro predikci sekundární struktury RNA je použit Zukerův algoritmus, který by měl odstraňovat některé nedostatky Nussinin algoritmu a samotný Nussinin algoritmus. Rekurze je zde představována pomocí rekurzivních stromů, dynamické programování pomocí skórovací matice. Uživatel má možnost také porovnat rychlosti obou přístupů pro zadané sekvence. Pro zajištění jednoduché dostupnosti se jedná o webovou aplikaci běžící na straně klienta.
|
|
|
Využití dynamického programování v grafových algoritmech
Biloš, Martin ; Křivka, Zbyněk (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá grafovými algoritmy, jejich využitím a přínosem optimalizační metody dynamického programování. Tento přínos je předveden uživateli pomocí aplikace. Grafové algoritmy najdou využití v mnoha odvětvích lidské činnosti i dnes. Používají se ve směrování paketů nebo například v navigaci. V práci jsou zpracovány tři metody, které patří mezi grafové algoritmy. Tyto problémy řeším klasickým i dynamickým způsobem a následně zjištěná data jsou porovnána.
|
|
|
Optimální plánování trasy pro elektromobily
Horák, Filip ; Šoustek, Petr (oponent) ; Kůdela, Jakub (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá plánováním optimální trasy pro elektromobily. V první, teoretické části této práce probíhá uvedení problematiky a popis několika heuristických metod, které byly pro řešení optimalizačních úloh použity. Praktická část práce se zabývá software implementací popsaných metod. Na závěr je provedeno několik experimentů a porovnání výsledků jednotlivých metod.
|
|
|
Hledání nejkratších cest grafem
Jágr, Petr ; Ohlídal, Miloš (oponent) ; Jaroš, Jiří (vedoucí práce)
Předmětem této bakalářské práce je hledání, porovnání, úprava a implementace vhodných grafových algoritmů vedoucích k nalezení všech nejkratších cest mezi všemi dvojicemi vrcholů v neorientovaných grafech. Pro tento účel jsou využity modifikace již existujících algoritmů a jejich fragmentů tak, aby bylo docíleno co možná nejnižší časové náročnosti výpočtu. Porovnáme si Dijkstrův, Floyd-Warshallův a Bellman-Fordův algoritmus.
|
|
|
Poloautomatická diagnostika síťových protokolů
Svoboda, Ondřej ; Ryšavý, Ondřej (oponent) ; Holkovič, Martin (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá poloautomatickou diagnostikou síťových protokolů. Řeší se zde, jak z příkladů komunikace sestavit obecný popis protokolů. Nejprve jsou představeny různé techniky odposlechu síťového provozu spolu s programy, které se často k odchytávání komunikace používají. Také budou popsány některé známé síťové protokoly se zaměřením na jejich komunikační zprávy. V další části budou popsány již existující metody získávání popisu z příkladů a definovány vlastnosti těchto metod. Následuje návrh architektury vyvíjeného nástroje společně s návrhem metod tvorby popisu protokolu. Další část se věnuje implementaci vytvářeného nástroje a na závěr je tento nástroj otestován a jsou s ním prováděny experimenty.
|
|
|
Query-by-Example Keyword Spotting
Skácel, Miroslav ; Hannemann, Mirko (oponent) ; Szőke, Igor (vedoucí práce)
The aim of the thesis is to get acquainted with modern approach of keyword spotting and spoken term detection in speech data. The bases of keyword spotting are described at first. The data representation used for experiments and evaluation are introduced. Keyword spotting methods where query is provided as an audio example (Query-by-Example) are presented. The scoring metrics are described and experiments follow. The results are discussed. Further, modern approaches of keyword spotting are suggested and implemented. The system with new techniques is evaluated and the discussion of results achieved follows. The conclusions are drawn and the discussion of future directions of development is held. The Appendix contains user manual for using implemented system.
|
|
|
Shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primární struktury
Jurásek, Petr ; Stryka, Lukáš (oponent) ; Burgetová, Ivana (vedoucí práce)
Diplomová práce je zaměřena na shlukování proteinových sekvencí na základě podobnosti primárních struktur. Seznamuje s daty v podobě aminokyselin, které tvoří primární strukturu proteinů. Představuje základní algoritmy pro porovnávání podobnosti proteinových sekvencí. Popisuje shlukovou analýzu a metody shlukování. Praktickou část práce představuje návrh vzdálenostní funkce pro proteiny a implementace metod shlukování AGNES, k-means, k-medoids v jazyce Python.
|
|
|
Plánování trasy pro autonomní robotickou sekačku
Moninec, Michal ; Šoustek, Petr (oponent) ; Kůdela, Jakub (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou optimalizace cesty autonomní robotické sekačky pro pokrytí celé oblasti, která je předem stanovena a nemění se. Dále ji tvoří rešerše aktuálně používaných metod a následuje implementace software s grafickým uživatelským rozhraním, který je schopen optimalizovanou trasu generovat.
|
|
|
Programový systém pro řešení úloh dynamického programování
Zetka, Petr ; Popovský, Vítězslav (oponent) ; Dvořák, Jiří (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá tvorbou programového systému pro řešení úloh dynamického programování na počítači. V teoretické části práce je popsáno dynamické programování jako nástroj pro optimalizaci víceetapových rozhodovacích procesů a vybrané úlohy dynamického programování, které byly implementovány do programového systému. V praktické části je popsán návrh, implementace a ověření funkčnosti programového systému.
|
|
|
Implementace algoritmu pro hledání podobností DNA řetězců v FPGA
Pařenica, Martin ; Martínek, Tomáš (oponent) ; Fučík, Otto (vedoucí práce)
Tato práce popisuje způsoby porovnání nukleotidových řetězců s využitím párového a vícenásobného porovnání. V práci jsou popsány algoritmy párového porovnávání pro hledání nad daty v databázích a nebo algoritmy využívající dynamické programování. Dále jsou popsány způsoby vícenásobného porovnání. Mezi základními algoritmy je uvedeno dynamickým programováním a nebo algoritmy, které s využitím určité míry nepřesnosti postupně sestavují porovnání. Teoretickou část práce uzavírá popis technologie FPGA. Další část práce, praktická část, je věnována implementaci jednoho z vícenásobných algoritmů. Závěrečná část shrnuje vlastnosti vybraného algoritmu.
|
host ::
RSS.